Spetsiaalse separaatori tööpõhimõte põhineb peamiselt tsentrifugaaljõul ja materjalide füüsikaliste omaduste erinevustel, et saavutada tahke{0}}vedeliku või vedela-vedeliku eraldamine. Põhiprotsessi võib jagada kolmeks etapiks:
Esiteks sisenevad eraldatavad materjalid läbi etteandeava separaatori pöörlevasse kambrisse.
Teiseks põhjustab suurel{0}}pöörlemisel tekkiv tsentrifugaaljõud tihedamate tahkete osakeste sadestumise kambri servadele, samas kui väiksema tihedusega vedelikke väljutatakse läbi ekraani või ülevoolu väljalaskeava.
Lõpuks väljastatakse spetsiaalse separaatori tahked ained ja vedelikud erinevate väljalaskeavade kaudu, mis viib eraldusprotsessi lõpule.